首先是缺少高层次尖端人才，北京市目前仅有7名中国工程院院士，1名中国科学院院士，平均年龄超过65岁，且其中有6名在医药卫生专业，分布极不合理，而上海市有两院院士18名，且专业分布合理；北京市目前的93名国家级突出贡献专家中，有22名已经退休，而上海市有102名；北京市4万名高级专业技术人员已进入退休高峰期，每年退休4000人，而全市45岁以下的高级专业技术人员仅占高级专业技术人员总量的28％。
北京市科技队伍结构分布：第一产业缺少大批适应农业商品化、专业化、现代化要求且安心农业生产第一线的专业技术人员；第二产业则有大批专业技术人员需要转换工作岗位及专业；第三产业中的金融、信息、通讯、仓储、咨询、房地产等行业又迫切需要大批不同层次的专业技术人员。从区域上，专业技术人员高度密集于城区，远郊区县仍因缺乏相应的专业技术人员而影响整体的发展。此外，部分长线和传统专业出现了专业人才过剩，而首都经济急需的电子信息、生物工程、新医药、新材料、机电一体化、复合型管理人才、高级会计师以及从事科技成果转化的人才还相当缺乏。
另外，由于十年“文革”造成的人才培养断层，北京市高级人才质量呈下降趋势，与1995年相比，高级职称人员中具有大学本科以上的人员由67．4％下降到63．8％。另一方面国有企事业单位专业技术人员流失严重，一些行业和单位的大学生流失率高达30％－40％。
